Funde aus mehreren Jahrtausenden lassen darauf schließen, daß die fruchtbare Gegend wohl schon seit der Jungsteinzeit kontinuierlich besiedelt war. Ein römisches Landgut oberhalb des Ortes bezeugt es für die Römerzeit, während merowingische Gräber als fränkische Relikte Besiedlung im frühen Mittelalter belegen. 865 wurde Winningen zum erstenmal urkundlich erwähnt.

Seit 1248 war der Ort im Besitz der Grafen von Sponheim und wurde mit ihnen 1557 protestantisch, als einziger Ort im Umkreis. Nur einige Jahre später taten die Winninger von sich aus einen Schritt, der sie noch deutlicher von ihren kurtrierischen Nachbarwinzern unterschied. Geschickt nutzten sie die Finanzschwäche ihres adligen Herren und erkauften sich durch eine zwölfjährige Sondersteuer die Freiheit von der Leibeigenschaft.

Erst gut 200 Jahre später, mit dem Untergang Kurtriers im Gefolge der Französischen Revolution, fiel den Moselwinzern die gleiche Freiheit zu. Die Winninger Ringmauer, 1583 vollendet, war "drei Schuh breit und zehn Schuh hoch".

Von den ehemals sechs Toren steht noch gut erhalten das Horntor, aber es gibt noch eine Reihe schöner alter Fachwerkbauten, wobei auffällt, daß das Fachwerk hier nicht moselländisch ochsenblut-rot sondern rheinisch schwarz gestrichen ist. Reizvoll sind der Marktplatz und der Weinhof mit ihren Bauten. Auf beiden Plätzen ist "was los" während des bekannten Moselfestes, das zehn Tage lang in Winningen gefeiert wird und das älteste Winzerfest in Deutschland sein soll.

Auf der Höhe hat Winningen einen Flugplatz und an der Mosel einen großen Yachthafen.